El proyecto Agua Negra, considerando primero el camino desde Coquimbo-La Serena hasta San Juan, y desde el siglo pasado el túnel, tienen una variada y rica historia. Rodrigo Iribarren Avilés, chileno investigó gran parte de esta historia durante más de 10 años, resultando el libro "Agua Negra, Historias de un camino", publicado el año 2012.
Se sabe que las primeras huellas del camino fueron utilizadas por tribus cazadoras y recolectoras y luego tribus agrícola-ganaderas que migraban con vicuñas y guanacos durante el verano, mientras cosechaban en los estrechos valles de la cordillera. Luego con la expansión incaica, otros caminantes ahondaron su senda en caravanas de llamas a través del Camino del Inca.
Durante el dominio español en 1575, Don Gaspar Zárate se dirigió al Rey, en representación del Cabildo de San Juan, pidiendo la construcción de un camino que vinculara esta ciudad con La Serena y continuó un interesante tráfico de mula, minerales y productos producidos en ambos territorios.
En el año 1817, una de las columnas del Ejército Libertador de Los Andes, se forma en San Juan al mando del Tte. Coronel Juan Manuel Cabot marchando en dirección hacia la provincia de Coquimbo, yendo por Pismanta y de ahí al Portillo de Agua Negra, para dirigirse hacia el Paso de Guana, donde se le unen unos cien patriotas coquimbanos al mando del capitán Patricio Zeballos y Egaña.
Una nueva historia comienza a ser contada cuando en abril de 1862 se inauguraba la línea férrea que unía al Puerto de Coquimbo con la ciudad de La Serena y que se hablaba de proyectar los rieles hasta San Juan. La línea avanzó casi 94 km hacia 1886, llegando hasta Rivadavia. Hasta 1924 se insistió con la idea de prolongarla hasta San Juan, e incluso se realizaron algunos estudios, pero el proyecto nunca se concretó.
En 1869, Indalecio Castro, realiza el primer viaje por Agua Negra con carros y carruajes partiendo desde Copiapó. Las dificultades que tuvo lo obligaron a desarmar los carros para después armarlos de nuevo. Otras crónicas señalan que pasó por otro lado. El gobierno de San Juan lo premió con 10.000 pesos por haber comprobado que era realizable un camino carretero.
En 1933 el diario El Chileno publicaba que "se había creado en Vicuña un Comité Pro Camino Internacional, para impulsar la traza del camino por Agua Negra. El camino San Juan – Coquimbo, pasando por el Valle del Elqui, es una esperanza de salvación que acarician los habitantes de este departamento que ha sufrido los últimos años las consecuencias de la crisis económica, ya que sus entradas y recursos se basan exclusivamente en la exportación de sus productos".
Durante el mismo año ya aflora la idea de construir un túnel en tiempos de la gobernación de Ruperto Godoy.
En 1935, Argentina y Chile acuerdan pasos fronterizos de interés, con miras a futuras obras, entre ellos estaba San Juan a Ovalle por el Paso de Agua Negra o por el Portezuelo del Viento. Los acuerdos suscritos, fueron incorporados al Protocolo Adicional al Tratado de Límites (1881) vigente y refrendados el 2 de Julio de 1935 por los cancilleres Carlos Saavedra Lamas (Argentina) y Miguel Cruchaga Tocornal (Chile).
En 1939 se forma una comisión para el estudio del trazado del camino y comienzan las discusiones técnicas y políticas sobre la conveniencia de realizar el camino por El Castaño, en Calingasta, o por Agua Negra. En Jáchal se creó la Comisión Pro Camino Internacional y en Vicuña, el Comité Departamental, que organizó un cabildo abierto para discutir la importancia del tema.
En octubre de 1947, se inauguran las obras del camino a Chile en Jáchal, siendo gobernador Ruperto Godoy y presidente Juan Domingo Perón. Se iniciaba el camino Internacional por Agua Negra, al que se bautizó como Presidente Perón. A fines de la década del 50, Vialidad Provincial acelera los trabajos en esta ruta, sobre la base de los yacimientos mineros en Arrequintín y Agua Blanca (wolframio, fluorita y cobre).
El 1º de marzo de 1965 se inauguraba el camino, con la presencia del Vicepresidente de la Nación, Carlos Perette, el gobernador de San Juan Leopoldo Bravo y autoridades de ambos lados de la cordillera.
Una primera exportación se realiza en abril de 1967. Una caravana de camiones cargados con 420 cabezas de ganado bovino para llevarlo al Perú sale desde San Juan y va hasta el puerto de Coquimbo. La obra estuvo en funcionamiento durante 13 años, pero el conflicto del Canal del Beagle interrumpe el tránsito por Agua Negra entre 1978 y enero de 1991, cuando ambos países han regresado a la democracia.
Los Acuerdos de Complementación suscritos entre abril de 1986 y octubre 2002, establecen la reapertura y mantenimiento de la ruta San Juan – La Serena-Coquimbo, permitiendo consolidar poco a poco lazos de amistad y complementación económica, turística y tecnológica, proyectando sus producciones hacia el continente y el mundo.
En 1996 se firma el Acuerdo de Complementación Económica (ACE) entre Chile y el MERCOSUR definiéndose 13 pasos de alta prioridad para desarrollar una mejor conectividad entre Chile, Argentina, Brasil, Uruguay y Paraguay. Entre dichos pasos Agua Negra se define también como prioritario y se asigna un programa de inversiones especial.
El proyecto del túnel es fruto de una iniciativa de hace varios años, que obedece a una aspiración para dar solución vial más avanzada, en un paso fronterizo que ya se había incluido en el Plan de Obras Viales para los Pasos Fronterizos Priorizados. Este paso formaba parte de la agenda de integración impulsada por los Gobiernos de Chile y de Argentina, desde hacía décadas. En el ámbito político, la Provincia de San Juan y la Región de Coquimbo dieron, desde un comienzo, un fuerte impulso y promovieron su atención por los Gobiernos de los respectivos países. De allí emergió la proposición de estudiar una obra más ambiciosa como un túnel.
Entre 1999 y el 2009, se realizaron varios estudios de demanda, análisis de los flujos de transporte y carga. Se avanza además en estudios geológicos, hidrológicos, geotécnicos y en un diseño conceptual del túnel.
Entre el 2009 y 2011, Argentina encarga primero el estudio y diseño conceptual y luego, el diseño de ingeniería básica y de impacto ambiental del túnel de Agua Negra. Ello propició, entre otros factores, que el 30 de octubre de 2009 se suscribiera un Protocolo Complementario al Tratado de Maipú, creando una Entidad Binacional para conducir y analizar los estudios y dirigir las demás etapas relativas a una eventual construcción. La Entidad Binacional para el Proyecto de Túnel de Baja Altura del Paso de Agua Negra, EBITAN, se constituyó en 2010.
En junio 2013, la EBITAN da un paso fundamental con el llamado a expresiones de interés para empresas y consorcios de todo el mundo dispuestos a construir el Túnel de Agua Negra, aportando la mayor parte del financiamiento necesario para la obra Este llamado contó con la inscripción de 23 empresas interesadas, pero el proceso quedó trunco en el año 2014 ante la propuesta del Banco Interamericano de Desarrollo de financiar en su totalidad el proyecto.
En diciembre de 2014, los Estados Argentino y Chileno aprueban el II Protocolo Complementario al Tratado de Maipú, a través del cual se decide realizar la obra del Túnel de Agua Negra y se define el marco regulatorio aplicable al proyecto, asignándole a EBITAN personalidad jurídica internacional para el cumplimiento de sus objetivos.
En el mes de Diciembre de 2015, en conferencia de prensa realizada en Argentina, el Presidente del Banco Interamericano de Desarrollo comunica la decisión del BID de financiar en su totalidad el proyecto del Túnel de Agua Negra.
En Abril de 2016, en la sede del BID en Washington, los Ministros de Hacienda de Argentina y Chile y el Presidente del Banco Interamericano de Desarrollo, acuerdan el primer desembolso del financiamiento del proyecto, por un monto de USD 40.000.000, destinados a toda la instancia previa al inicio de obra.
En Junio de 2016, EBITAN aprueba su Reglamento de Funcionamiento.
En Octubre de 2016 se llama a Precalificación de empresas y consorcios, como primera etapa del proceso licitatorio del Túnel de Agua Negra.
